Es importante que sepas que las publicaciones que subimos al Catálogo no pueden ser modificadas, ya que Mercado Libre unifica las imágenes, fichas técnicas y descripciones, es por eso que sólo puedes modificar el precio y el stock.
Para ello sigue los siguientes pasos:
Paso 1: En el menú de la izquierda ve a Publicaciones->Mercadolibre, utilizar el filtro y selecciona Publicaciones de catálogo

Paso 2: Selecciona una o más publicaciones y haz clic en el botón con los tres puntitos. Desde el menú desplegable podrás modificar:
Forma de entrega
Precio
Stock
Reglas de precios (¿Cómo crear reglas de precios?)
Reglas de stock (¿Cómo crear reglas de stock?)

Para quitar una publicación del catálogo solamente debes finalizarla. Para ellos ingresa a Publicaciones->Catálogo
Selecciona la publicación que deseas quitar (puedes ayudarte utilizando los filtros o el buscador), haz clic en el botón del engranaje y selecciona Modificar publicación.

En la opción Estado debes seleccionar Cerrada, y listo! La publicación se quita del catálogo.

Si quieres volver a publicarla, tendrás que volver a repetir los pasos para publicar, puedes encontrarlos en este tutorial: Cómo publicar en el Catálogo.